Home Epigenetics DNA Methyltransferase Remmer RG108 (N-Phthalyl-L-Tryptophan)

alleen voor onderzoeksdoeleinden

RG108 (N-Phthalyl-L-Tryptophan) DNMT-remmer

Cat.nr.: S2821

RG108 (N-Phthalyl-L-tryptophan) is een remmer van DNA methyltransferase met een IC50 van 115 nM in een celvrije test, en veroorzaakt geen trapping van covalente enzymen.
RG108 (N-Phthalyl-L-Tryptophan) DNA Methyltransferase Remmer Chemical Structure

Chemische structuur

Molecuulgewicht: 334.33

Spring naar

Kwaliteitscontrole (Quality Control)

Batch: Zuiverheid: 99.82%
99.82

Celkweek, behandeling & werkzame concentratie
(Cell Culture, Treatment & Working Concentration)

Cellijnen Assaytype Concentratie Incubatietijd Formulering Activiteitsbeschrijving PMID
human THP1 cells Function assay Inhibition of ACAT-mediated esterified cholesterol accumulation in human THP1 cells exposed to acetyl-LDL during differentiation assessed as effect on foam cell formation, IC50=1.5 μM 18620381
human HepG2 cells Function assay Inhibition of ACAT in human HepG2 cells, IC50=0.479 μM 19167888
rat macrophages Function assay 24 h Inhibition of ACAT in rat macrophages assessed as incorporation of extracellular [3H]-oleic acid-BSA complex into the intracellular cholesteryl ester after 24 hrs, IC50=0.479 μM 19464189
MCF7 Apoptosis assay 10 uM 6 hrs Induction of apoptosis in human MCF7 cells assessed as apoptotic cells at 10 uM after 6 hrs by FITC-Annexin V/propidium iodide staining-based FACS analysis relative to control 25801160
MCF7 Apoptosis assay 10 uM 6 hrs Induction of apoptosis in human MCF7 cells assessed as dead cells at 10 uM after 6 hrs by FITC-Annexin V/propidium iodide staining-based FACS analysis relative to control 25801160
MCF7 Function assay 100 uM 1 hr Competitive inhibition of DNMT1 in (S)-Methyl 2-(2,5-dioxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl)-3-(5-(prop-2-yn-1-yloxy)-1H-indol-3-yl)propanoate labeled human MCF7 cells at 100 uM preincubated for 1 hr followed by cell labeling for 30 mins and clicked with TER-PE 25801160
MCF7 Function assay 50 to 500 uM 1 hr Competitive inhibition of DNMT1 in (S)-Methyl 2-(2,5-dioxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl)-3-(5-(prop-2-yn-1-yloxy)-1H-indol-3-yl)propanoate labeled human MCF7 cells at 50 to 500 uM preincubated for 1 hr followed by cell labeling for 1 hr and clicked with TER 25801160
SK-N-MC qHTS assay qHTS of pediatric cancer cell lines to identify multiple opportunities for drug repurposing: Primary screen for SK-N-MC cells 29435139
Klik om meer experimentele gegevens over cellijnen te bekijken

Chemische informatie, opslag en stabiliteit (Chemical Information, Storage & Stability)

Molecuulgewicht 334.33 Formule

C19H14N2O4

 Opslag (vanaf de datum van ontvangst)
CAS-nr. 48208-26-0 SDF downloaden Opslag van stamoplossingen

Synoniemen N-Phthalyl-L-tryptophan Smiles C1=CC=C2C(=C1)C(=O)N(C2=O)C(CC3=CNC4=CC=CC=C43)C(=O)O

Oplosbaarheid (Solubility)

In vitro
Batch:

DMSO : 66 mg/mL (197.4 mM)
(Met vocht verontreinigd DMSO kan de oplosbaarheid verminderen. Gebruik verse, watervrije DMSO.)

Ethanol : 66 mg/mL

Water : Insoluble

Molariteitscalculator

Massa Concentratie Volume Molecuulgewicht
Verdunningscalculator Molecuulgewichtcalculator

In vivo
Batch:

In vivo formulatiecalculator (heldere oplossing)

Stap 1: Voer onderstaande informatie in (Aanbevolen: een extra dier om rekening te houden met verlies tijdens het experiment)

mg/kg g μL

Stap 2: Voer de in vivo formulering in (Dit is alleen de calculator, geen formulering. Neem eerst contact met ons op als er geen in vivo formulering is in de sectie oplosbaarheid.)

% DMSO % % Tween 80 % ddH2O
%DMSO %

Berekeningsresultaten:

Werkconcentratie: mg/ml;

Methode voor het bereiden van DMSO-moedervloeistof: mg geneesmiddel vooropgelost in μL DMSO ( Concentratie moedervloeistof mg/mL, Neem eerst contact met ons op als de concentratie de DMSO-oplosbaarheid van de batch van het geneesmiddel overschrijdt. )

Methode voor het bereiden van in vivo formulering: Neem μL DMSO moedervloeistof, voeg daarna toeμL PEG300, mengen en verhelderen, daarna toevoegenμL Tween 80, mengen en verhelderen, daarna toevoegen μL ddH2O, mengen en verhelderen.

Methode voor het bereiden van in vivo formulering: Neem μL DMSO moedervloeistof, voeg daarna toe μL Maïsolie, mengen en verhelderen.

Opmerking: 1. Zorg ervoor dat de vloeistof helder is voordat u het volgende oplosmiddel toevoegt.
2. Zorg ervoor dat u het/de oplosmiddel(en) in de juiste volgorde toevoegt. U moet ervoor zorgen dat de verkregen oplossing, bij de vorige toevoeging, een heldere oplossing is voordat u verdergaat met het toevoegen van het volgende oplosmiddel. Fysieke methoden zoals vortexen, ultrasoon of een warmwaterbad kunnen worden gebruikt om het oplossen te bevorderen.

Werkingsmechanisme (Mechanism of Action)

Targets/IC50/Ki
DNA methyltransferase
(Cell-free assay)
115 nM
In vitro
RG108 effectively blocks DNA methyltransferases in vitro and does not cause covalent enzyme trapping in human cell lines. Incubation of cells with low micromolar concentrations of this compound results in significant demethylation of genomic DNA without any detectable toxicity. Intriguingly, it causes demethylation and reactivation of tumor suppressor genes, but it does not affect the methylation of centromeric satellite sequences. In another study, the synthesis and in vitro analysis of a biotinylated conjugate of this chemical is investigated to evaluate the interactions with DNA methyltransferase enzymes. In a recent study, it is shown this compound can significantly reduce the DNA methyltransferases activity in SM derived iPS cells as compared to the native SMs.
Kinase Assay
In vitro methylatie-assay
Het substraat-DNA voor de in vitro methylatie-assay is een fragment van 798 bp (−423/+375 ten opzichte van het startcodon) uit het promotorgebied van het menselijke p16Ink4a-gen. De methylatiereactie bevat 350 tot 400 ng substraat-DNA en 4 eenheden M.SssI-methylase (0,5 μM) in een eindvolume van 50 μL. Deze verbinding wordt toegevoegd in eindconcentraties van respectievelijk 10, 100, 200 en 500 μM. Reacties worden gedurende 2 uur bij 37 °C uitgevoerd. Na voltooiing wordt de reactie gedurende 15 minuten bij 65 °C geïnactiveerd en wordt het DNA gezuiverd met behulp van een PCR-zuiveringskit. Driehonderd nanogram gezuiverd DNA wordt gedurende 3 uur bij 60 °C verteerd met 30 eenheden BstUI en geanalyseerd op 2% Tris-boraat EDTA-agarosegels.
Referenties